ارزش، شاخص ارزیابی و سنجش کنشها، اقدامات و رفتارهای افراد، گروه و سیستم بوده و ارزششناسی مکتب سیستمی، به مفهوم مطالعه مجموعهای از ارزشها در شبکهای از باورهای کلی است. اهمیت پژوهش حاضر از این جهت است که ابتدا با استفاده از روش تحلیل محتوا ماهیت ارزش، تبارشناسی ارزشها از لحاظ طبقهبندی و تعیین جایگاه سلسله مراتبی آنها در نظام ارزشی مکتب سیستمی کشف و تبیین شده و گزارههایی مانند هدف، همکاری، حسابگری، کارآیی و اثر بخشی به مثابه ارزشهای ابزاری و عامگرایی و همبستگی به عنوان ارزشهای غایی و بقای سیستم در قامت ارزش محوری مکتب سیستمی مشخص گردیده و آن گاه، با بهرهگیری از روش استنطاقی شهید صدر، دادههای فراهم آمده به مثابه پرسش اساسی با هدف دریافت. پاسخ نقادانه قرآن کریم نسبت به ارزشهای مکتب سیستمی به آن معجزه جاودان الهی عرضه گردید. برآیند پژوهش نشان میدهد که ارزشهای مکتب سیستمی هم از لحاظ ماهیت و هم از حیث ابزاری، غایی و محوری بودن مورد نقد جدی قرآن کریم بوده و مردود است؛ و ایمان، نماز، صبر و عمل صالح از مهمترین ارزشهای ابزاری است و دستیابی به فضل (خیر، احسان و شرف) الهی، مغفرت و اجر از برجستهترین ارزشهای غایی و رضوان الهی شاخصترین ارزش محوری سیستم قرانی میباشد.